包皮龟头炎的病菌一般都是来自包皮垢，当然，其致病因素也并非一定是由包皮过长所导致，也存在由其他方面的刺激所导致，比如尿液刺激等，但比较少见，包皮垢中最常见的菌群就是霉菌，阿米巴原虫等。其中滴虫则是由性行为传染所致。下面就几种常见的包皮龟头炎致病菌进行介绍：

非感染因素

局部创伤、摩擦、避孕药、肥皂和清洁剂等刺激，局部表现为水肿性红斑、糜烂、渗液甚至出血，若继发细菌感染可化脓并形成溃疡面。患者疼痛明显，行动不便。

阿米巴原虫感染

多先有龟头炎病变，局部失去正常的屏障作用，继而由肠道阿米巴病传染引起。局部糜烂、溃疡、组织坏死，分泌物直接涂片可找到阿米巴原虫。

念珠菌感染

念珠菌是一种条件致病真菌，故念珠菌性龟头炎常继发于糖尿病，老年消耗性疾病以及大量抗生素或激素治疗之后，也可为原发性，多由配偶念珠菌阴道炎传来，龟头及冠状沟可有浅红色糜烂及薄壁脓疱。

滴虫感染

多因配偶患有阴道滴虫病而被传染。症状较轻，主要表现为龟头部起红斑丘疹、小水疱等。境界清楚、范围逐渐扩大，患者常感瘙痒。分泌物中可找到滴虫。

其他疾病引发

男性的一些疾病长期不去治疗也会引发疾病的，男性的精囊炎，睾丸炎，前列腺炎都是重要的病因。

包皮龟头炎主要就是由感染因素所引起，虽说龟头的表层具有很好的防御系统，但在特殊情况下，以及男性本身行为破坏的情况下，那么就会导致菌群入侵，从而形成包皮龟头炎，比如身体免疫力低下，以及用高浓度护理液清洗生殖器等。